Este nuevo procedimiento se distingue porque ya no es un extenuante cúmulo de papeles o documentos o escritos, sino que la investigación penal ha de ser eminentemente oral y pública.
Es decir, una vez superada la fase de la indagación que lidera la policía judicial, bajo la supervisión o el control del fiscal, en donde se reflejará un verdadero trabajo en equipo, y cuando el fiscal considere que ya tiene los medios de conocimiento , le solicita al juez la audiencia preliminar de formulación de imputación. Imputación, implica la comunicación que hace el fiscal al investigado de los hechos jurídicamente relevantes, su participación criminal y la adecuación típica por ante un juez de control de garantías para que se trabe ese vínculo procesal y ejerza material y técnicamente su defensa.
En caso de tratarse de una captura en flagrancia o administrativa tendrá que ser presentado el aprehendido ante el juez de control de garantías para que en audiencia preliminar pública se legalice la captura, o de lo contrario el juez ordenará su libertad inmediata.
Imputado el delito, en caso de una conducta punible que amerite detención preventiva intramural o domiciliaria se solicitará una audiencia preliminar para imponer esa medida de aseguramiento ante el juez de control de garantías. También existen otras medidas de aseguramiento no privativas de la libertad como: la obligación de someterse a un mecanismo de vigilancia electrónica, o de una persona o institución determinada, presentarse periódicamente o cuando sea requerido ante el juez o ante la autoridad que él designe, la obligación de observar buena conducta individual, familiar y social, prohibición de salir del país, del lugar en el cual reside o del ámbito territorial que fije el juez, prohibición de concurrir a determinadas reuniones o lugares, prohibición de comunicarse con determinadas personas o con las víctimas, siempre que no se afecte el derecho a la defensa, la prestación de una caución real adecuada, por el propio imputado o por otra persona, mediante depósito de dinero, valores, constitución de prenda o hipoteca, entrega de bienes o la fianza de una o más personas idóneas y la prohibición de salir del lugar de habitación entres las seis de la tarde a las seis de la mañana.
El término legal permitido de duración de esta etapa es de 30 días hábiles, al cabo de los cuales el fiscal solicitará audiencia para formular escrito de acusación o preclusión de la investigación ante el juez de conocimiento. Si no lo hace en este perentorio término legal, ese fiscal debe ser removido de la investigación y se suplirá por otro para que un término no superior a 30 días hábiles solicite tal audiencia y con ese mismo objetivo.
En las investigaciones penales se garantiza el principio de segunda instancia de acuerdo con el cual las decisiones proferidas por un fiscal pueden impugnarse ante su superior jerárquico. La estructura de la Fiscalía General de la Nación está prevista de tal manera que se pueda cumplir con ese principio salvo en las investigaciones que, por disposición de la ley, conocen el Fiscal General o el Vicefiscal en única instancia.
La parte inconforme con la decisión puede interponer recursos contra las decisiones de los fiscales para que sean resueltas por el mismo fiscal que tomó tal determinación -recurso de reposición- o por su superior jerárquico -recurso de apelación-. Este último recurso puede interponerse como único o como subsidiario al de reposición para que se conceda la apelación en el evento de ser negada la reposición.